Der 1939 ausgebrochene Zweite Weltkrieg ging auch an der Hochschule nicht spurlos vorüber: Engpässe entstanden durch Einberufungen von Dozenten und Studenten zum Militärdienst. Und aufgrund von Problemen in der Energieversorgung mussten die meisten Räume in der Winterzeit unbeheizt bleiben. Alles in allem konnte der reguläre Unterricht jedoch über die Kriegszeit hinweg aufrechterhalten werden.
Ein wichtiges Kapitel der Hochschulgeschichte ist das des Internierten-Hochschullagers: Mit der militärischen Kapitulation Frankreichs sind 13'000 polnische Soldaten, die infolge der Besetzung Polens in die «polnische Division» der französischen Armee übergewechselt waren, in die Schweiz gelangt. Viele dieser Soldaten, die ihr Studium kriegsbedingt unterbrechen mussten, wollten ihre Studien in der Schweiz fortsetzen. Die Handels-Hochschule St.Gallen leistete hierzu ihren Beitrag.
Das Internierten-Hochschullager, für das die Handels-Hochschule zuständig war, ist Ende Oktober 1940 im thurgauischen Sirnach eröffnet worden, neben den beiden anderen Hochschullagern in Winterthur und Fribourg. Im ersten Semester begannen 78 ordentliche Studenten und 15 Hospitanten ihr Studium. Die Dozenten reisten jeweils für einen halben Tag die Woche mit dem Zug an, um den Unterricht unentgeltlich zu erteilen. Rektor der Internierten-Hochschule war Prof. Dr. Max Wildi (Anglistik). Aufgrund der beschwerlichen Anreise von St.Gallen verlegte man das Lager mit dem zweiten Semester, also zum April 1941, in den Kanton St.Gallen, nach Gossau (Notker-Schulhaus). In Sirnach wie in Gossau wohnten die Studenten in Privatunterkünften. Zum dritten Semester, das im Oktober 1941 begann, erfolgte eine nochmalige Verlegung ins ausserrhodische Herisau, wo die Studenten in einer Kaserne untergebracht wurden. Die Hochschule war dort zunächst in einem leerstehenden Fabrikgebäude (Zähner & Schiess) und anschliessend im Pensionat Heinrichsbad untergebracht.
Die Vorlesungen und Übungen im Hochschullager, die in deutscher Sprache gehalten wurden, waren grundsätzlich dieselben wie an der Handels-Hochschule. Da die deutsche Sprache den meisten Internierten grosse Schwierigkeiten bereitete, fanden in den ersten Semestern täglich und im dritten und vierten Semester viermal wöchentlich obligatorische Deutschstunden statt, die von polnischen Assistenten geführt wurden. Dies führte zu einer Überladung des Vorlesungsplans. Aufgrund des Mangels an Lehrbüchern und da es nicht möglich war, die Bibliothek der Handels-Hochschule zu besuchen, begannen die Assistenten und später die Studenten selbst, Vorlesungsskripte in deutscher Sprache zu erstellen. Seit dem Sommersemester 1942 konnten die Studenten teilweise und seit dem Sommersemester 1943 komplett an den Vorlesungen in der Handels-Hochschule in der Notkerstrasse teilnehmen.
Die einzige Vereinigung der Studentenschaft war die «Brüderliche Hilfe», die sich in fünf Sektionen (Finanzen, Bildung, Chor, Sport, Festivitäten) gliederte. Die Bildungssektion hatte ihre Hauptaufgabe in der Herausgabe der Vorlesungsskripte. Der Studentenchor verfolgte die Zwecke, polnisches Liedgut zu pflegen und in der Schweiz bekannt zu machen. Die Sportsektion widmete sich schwerpunktmässig dem Fussball und dem Skisport. Alljährlich fanden Skiausflüge statt, und die Studenten beteiligten sich auch an auswärtigen Wettkämpfen. Immer wieder mussten die Internierten zu harten Arbeitsdiensten (beispielsweise das Roden von 6700 m2 Wald in Herdern bei Frauenfeld) ausrücken.
Angesichts der schwierigen Verhältnisse kann man die Lehrtätigkeit der Hochschuldozenten bei den Internierten als erfolgreich bezeichnen: Bis zum Wintersemester 1944/45 schlossen immerhin 23 Studenten mit einem Lizentiat ab, manche davon studierten sogar weiter und erwarben einen Doktortitel.
