Johannes Anderegg wurde am 3. Juni 1938 in St.Gallen geboren. Er ist der Sohn des Emil Anderegg, Stadtammann und Präsident des Hochschulrates der HSG (1951-1967), und der Eleonora (geb. Ratnowski), Künstlerin.
Nach dem Gymnasium in St.Gallen begann Anderegg 1957 sein Studium der Germanistik, der Anglistik und der Kunstgeschichte in München. Ein Jahr später wechselte er an die Universität Zürich, bevor er 1960 ein Jahr in Cambridge (GB) studierte. 1964 veröffentlichte Anderegg seine Dissertation «Friedrich Schiller: Der Spaziergang. Eine Interpretation».
Johannes Anderegg arbeitete während einer gewissen Zeit bei der «Kulturellen Umschau» des Ostschweizer Radio mit. Ebenfalls war er 1965 und 1976 Dozent für öffentliche Vorlesungen an der HSG. 1966 unterrichtete Anderegg Deutsch am Gymnasium Winterthur.
Zwischen 1967 und 1971 war er wissenschaftlicher Assistent an der Universität Göttingen. Ab 1971 wurde Anderegg zum Professor für Germanistik und Literaturwissenschaft an der Universität/Gesamthochschule Kassel berufen. Er leistete dort Aufbauarbeit an der neu gegründeten Hochschule. 1972 wurde Anderegg Dekan des Fachbereichs Sprache und Literatur und gleichzeitig Mitglied des Gründungsbeirats der Universität/Gesamthochschule Kassel. 1973 veröffentlichte Anderegg seine Habilitationsschrift «Fiktion und Kommunikation. Ein Beitrag zur Theorie der Prosa».
Im Jahr 1977 war Anderegg Gastprofessor an der Yale University. Daraufhin wurde er zum Professor für Germanistik an die Yale University berufen. Den Ruf lehnte er jedoch zugunsten eines Angebots der HSG ab.
Johannes Anderegg wurde 1978 als Professor für deutsche Sprache und Literatur an die HSG berufen. Von 1982 bis 1986 wirkte er als Prorektor, bevor er 1986 zum Rektor gewählt wurde. Während seiner vierjährigen Amtszeit war die Stärkung der «Corporate Identity» der Hochschule ein besonderes Anliegen des Rektors.
Zwischen 1991 und 1993, sowie 2002 und 2003 war Anderegg Vorstand der kulturwissenschaftlichen Abteilung der HSG.
Anderegg erhielt 1996 ein Ehrendoktorat der Theologischen Fakultät der Universität Zürich. Er war in den 1970er Jahren an der Überarbeitung der Lutherbibel beteiligt und arbeitete zwischen 1988 und 1996 an der Revision der Zürcher Bibel mit.
Ebenfalls war Anderegg Gastprofessor an der Universität Konstanz (1980/1981), am Dartmouth College (1992), dem German School Middlebury College (1994) und ein zweites Mal an der Yale University (2001).
Anderegg war in diversen Vereinen und Gesellschaften tätig. So war er unter anderem Präsident der Akademischen Gesellschaft Schweizerischer Germanisten (1984-1988) und Präsident der Gesellschaft für Schweizerische Kunstgeschichte (1993-2002).
2003 wurde Johannes Anderegg emeritiert.
1988: Institut für Führung und Personalmanagement (I.FPM-HSG)
1988: Forschungsstelle für Empirische Wirtschaftsforschung (FEW-HSG), heute Schweizerisches Institut für Empirische Wirtschaftsforschung (SEW-HSG)
1989: Institut für Technologiemanagement (ITEM-HSG)
1989: Institut für Wirtschaftsinformatik (IWI-HSG)
1989: Institut für Wirtschaftsethik (IWE-HSG)
1989: Forschungsstelle für Internationales Management (FIM-HSG)