Wichtige Themen, die institutsübergreifend bearbeitet werden, sollten zusammengeführt und nach aussen besser sichtbar werden. Das Rektorat beschloss daher im Dezember 2005, an der HSG Instituts- und Forschungsstellen-übergreifende Kompetenzzentren zu ermöglichen. Diese virtuellen Zentren sind nicht zu verwechseln mit institutsinternen Kompetenzzentren. Auch einzelne HSG-ForscherInnen können sich in diesen übergreifenden Kompetenzzentren engagieren.
Center-Gründungen ab 2005:
2005: «Center for Aviation Competence (CFAC-HSG)»
2005: «Center for Family Business (CFB-HSG)»
2007: «Center for Innovation (CFI-HSG)»
2007: «Centro Latinoamericano-Suizo de la Universidad de San Gallen (CLS-HSG)»
2008: «Center for Leadership and Values in Society (CLVS-HSG)»
2009: «Center for Disability and Integration (CDI-HSG)»
2011: «Center for Governance and Culture in Europe (GCE-HSG)»
2012: «Asia Connect Center (ACC-HSG)»
2012: «Center for Entrepreneurship (CfE-HSG)»
2012: «Center for Health Care (CHC-HSG)»
2014: «Center for Energy Innovation, Governance and Investment (EGI-HSG)»