Bereits im Frühling 1999 war eine Expertengruppe mit Vertreterinnen und Vertretern aller Abteilungen, des Mittelbaus und der Studentenschaft unter Leitung von Prorektor Prof. Dr. Ernst Mohr beauftragt worden, bis zum Beginn des Wintersemesters 1999/2000 ein Neukonzept für die Lehre zu entwickeln. Dank dem ausserordentlichen Einsatz und der hohen Kreativität der Gruppe konnte der Senat im November 1999 die Eintretensdebatte zur neuen Architektur des Studiums in Angriff nehmen. An dieser Sitzung beschloss der Senat mit überwältigender Mehrheit, eine grundlegende Neuausrichtung der Lehre auf der Basis des vorliegenden Berichtes durchzuführen. Das Ziel war eine tiefgreifende, grundsätzliche und umfassende Neukonzeption, die zügig vorangetrieben werden sollte.
Die Grundstruktur des neuen Studiums und wichtige Massnahmen zur Entwicklung der Neukonzeption der Lehre wurden vom Senat im Januar und Februar 2000 verabschiedet. Damit sollte das Studium an der Universität St.Gallen ab dem Wintersemester 2001/02 aus einem Assessmentjahr und einer Bachelor-Stufe mit zwei Jahren Regelstudienzeit und einer anschliessenden Masterstufe mit acht Programmen von ein bis zwei Jahren Dauer bestehen. Die Programmangebote der Master-Stufe sollten nicht nur aus den Wirtschafts- und Rechtswissenschaften stammen, sondern auch disziplinübergreifend sein.
Auch die Schweizer Hochschulrektorenkonferenz machte in der Folge die Einführung des Bachelor-/Master-Systems an allen Universitäten zu einer ihrer Prioritäten. Aufgrund der an der ETH Zürich und an der Universität St.Gallen weit fortgeschrittenen Arbeiten übernahmen diese die Rolle der Impulsgeber. So blieb die Universität St.Gallen am Puls innovativer Entwicklungen, konnte eine Pionierrolle innerhalb der Schweiz einnehmen und damit ihre Rolle als eine der führenden europäischen Wirtschaftsuniversitäten stärken.